El 7 de mayo de 2000 marcó el principio del momento más negro de la historia del Atlético de Madrid desde su fundación. Entre todos lo mataron y él solo se murió. Aquel negro día, en la ciudad de Oviedo, se hacía realidad lo que desde varias semanas atrás parecía inevitable: el descenso a Segunda División. Una plantilla con Molina, Capdevila, Gamarra, Ayala, José Mari, Kiko y Jimmy Hasselbaink culminaba lo que parecía imposible al comenzar la temporada. Y más después de haber sido capaces de barrer al Real Madrid en su estadio allá por octubre, en lo que sería la última victoria frente al vecino hasta la final de Copa de 2013.
Fue una temporada marcada por el proceso judicial derivado del Caso Atlético, por el cual Jesús Gil fue desposeído del Club e ingresado en prisión tras ser imputado por delitos de malversación de caudales públicos y falsedad en documento público. La entidad quedó sometido a intervención judicial y a partir de ese momento el entrenador, Claudio Ranieri, y la plantilla se olvidaron del balón y comenzaron a preparar la espantada ante la inestabilidad institucional sobrevenida. Ni siquiera la vuelta de Radomir Antic a cargo del juez Rubí Blanc, metido a gestor estrella del club, salvó una situación que se culminaría con una guinda entre dramática y esperpéntica cuando el portero Toni le regaló a Tamudo en Mestalla el segundo gol de la final de Copa a la que el Atleti había llegado a pesar de todo ante el Espanyol. Aquello solamente podía haber terminado como terminó. Se abría ante nosotros una larguísima travesía en el desierto (con algún oasis por el camino) que terminó en 2010 levantando la primera Europa League en Hamburgo.
Efectivamente, fueron 10 años de innumerables sinsabores que comenzaron por no poder culminar el ascenso en la temporada 2000-2001, finalizando en cuarta posición con los mismos puntos que el tercero de los que ascendieron ese año (Tenerife), pero con el goal average perdido. No todo fue malo. La afición dio un paso al frente, se batieron todos los récords de abonados hasta la fecha y el campo se llenó todas las semanas en Segunda como no lo había hecho en mejores momentos. También apareció de la nada el que iba a ser el estandarte, no ya del equipo, sino de la entidad, durante los siguientes años. Fue un 27 de mayo en el Calderón ante el Leganés, y lo que parecía ser una moneda al aire en una situación desesperada, resultó ser el único valor tangible de una entidad a la deriva y el clavo ardiendo al que agarrarse para apurar las escasas opciones que había para ascender a pocas jornadas del final de Liga. Justo 6 días después, en Albacete, aquel mocoso de 17 años se empeñó en luchar contra el destino de tener que ver la vida de nuevo desde la Segunda División marcando un gran gol de cabeza después de cazar un balón llovido del cielo y de empujar a su propio compañero, Petete Correa, para hacerse sitio en el área.
El ascenso se culminaría la temporada siguiente, con Luis Aragonés en el banquillo y Fernando Torres liderando al equipo en el campo. El infierno de Segunda quedaba definitivamente atrás en la jornada 38, aprovechando los pinchazos de los perseguidores, que hicieron bueno el empate de los rojiblancos ante el Nástic en el Calderón. Por fin se recuperaba la categoría que nunca se debió perder.
Los años posteriores, lejos de ilusionar, supusieron temporadas anodinas en las cuales a duras penas se pasaba de mitad de plaza. La directiva decidió prescindir de Luis Aragonés y se sucedieron entrenadores de dudoso pelaje como Manzano, Ferrando o Bianchi, que indudablemente no estuvieron a la altura de la historia del Atleti. En el plano de jugadores, la cosa tampoco era mucho mejor. Quien no se acuerda de fichajes como Álvaro Novo, Ibagaza, Seitaridis, Richard Núñez, Nikolaidis, Sergio Aragoneses, Musampa, Nano, Rodrigo, Mista, Galletti, Maniche, Costinha o el célebre Pato Sosa, que llegó a caerse al césped del Calderón con todo su cuerpo el mismo día de su presentación mientras hacía toques con el balón… Fernando Torres seguía siendo el estandarte de toda la institución. Él, junto a una afición curtida a sangre y fuego, fueron lo único que se salvó de aquellos años infames en los cuales el mayor logro fue entrar en competición europea a través de la Intertoto que se ganó al todopoderoso Gloria Bistrita de Rumanía. Meses antes de este logro, Fernando Torres no aguantó más y partió con rumbo a Liverpool tras un humillante 0-6 ante el Barça. Su salida hizo que el equipo se reforzara con el urugayo Diego Forlán, el portugués Simao y el Argentino Maxi Rodríguez, que junto al Kun Agüero, se convirtieron en los brotes verdes sobre los cuales se cimentaron la resurrección del club en lo deportivo, que no en lo institucional.
Ellos llevaron al equipo a clasificarse para la Champions League en la temporada 2007-2008, después de eliminar al Shalke 04 en la ronda previa. Se logró superar la primera fase, siendo eliminados en octavos por el Oporto de Falcao y Cebolla Rodríguez.
La siguiente temporada también se repetiría clasificación para Champions, pero no se dio la talla. Aún así, milagrosamente se conseguiría la tercera plaza del grupo que daba acceso a la Europa League. Ninguno por aquel entonces imaginábamos que la racha sin títulos iba a acabar gracias a aquella competición a la que llegamos de rebote. El entrenador que empezó la temporada, Abel Resino, fue destituido y Quique Sánchez Flores tomó el mando del equipo. En aquel mercado de invierno también llegaría Tiago Cardoso, todo un acierto, aunque no podría disputar la Europa League por haber jugado ya competición europea esa misma temporada con su equipo de procedencia. En Liga, el equipo fue muy inconstante e irregular, pero en Europa fue eliminando sucesivamente a Galatasaray, Sporting de Portugal, Valencia y Liverpool para llegar a una final, nada menos que 10 años después. Y lo hizo fundamentalmente gracias a los goles conseguidos fuera de casa, ya que solamente fue capaz de ganar el Liverpool en el Calderón por 1-0. Especialmente memorable fue el gol de Forlán en Anfield en la prórroga cuando todo estaba perdido. Como también fue memorable su gol también en el añadido en la final ante el Fulham para hacer el 2-1 definitivo que devolvía por fin la alegría de celebrar un título a orillas del Manzanares y finalizaba con una larguísima y angustiosa travesía de 10 años en los que el Atlético de Madrid pasó de ser el tercer equipo de España a estar por detrás de Villarreal, Valencia o Sevilla. No fue la única final esa temporada, alcanzando también al final de la Copa del Rey, que lamentablemente se llevó el Sevilla, pero que supuso una fiesta y una demostración de amor y fidelidad por parte de la afición colchonera hasta tal punto que se silenció completamente a la afición del campeón. Tal demostración de más de 30 minutos tras finalizar el partido, cantando y agradeciendo la temporada vivida llegó a emocionar a los jugadores sobre el césped. Ahí quedan las imágenes de Tiago y de Domínguez con lágrimas en los ojos mientras contemplaban como las gradas del Camp Nou continuaban vibrando al grito de Atleti, Atleti.
La fiesta continuó en agosto ganando la Supercopa de Europa a un Inter de Milán que 3 meses antes había ganado la Champions. Desgraciadamente el resto de la temporada 2010-2011 y la primera mitad de la 2011-2012 no estuvieron a la altura de las expectativas y las ilusiones renacidas con la 2009-2010. Hasta que llegó el 23 diciembre de 2011 y con él un tal Diego Pablo Simeone. Pero eso será otro capítulo.